Na rozdíl od překvapeného řidiče reagoval R. Heydrich téměř okamžitě. Napřímil se a sáhl po pistoli. Zároveň udělil Kleinovi své příkazy. V tu chvíli Jan Kubiš vytahuje z aktovky jednu z připravených speciálních bomb a hází jí naučeným spodním obloukem směrem k vozu. Bomba exploduje nad stupátkem před pravým zadním kolem (kdyby explodovala uvnitř vozu, nemohl by Heydrich vyváznout živý). Výbuch proráží karosérii, vyvrací pravé dveře a jinak zdánlivě nic (kromě vyražených oken tramvaje a okolních domů díky tlakové vlně). Oba prchající parašutisté již neví, že malý kus karosérie prorazil pravé přední sedadlo a spolu s částmi čalounění učiní z 27. května 1942 jeden z nejvýznamnějších dní v našich novodobých dějinách.
Jan Kubiš, poraněný výbuchem (přestal vidět na levé oko a úlomky bomby a
karosérie mu do krve odřely ruku a levou část obličeje), se rozběhl ke kolu
stojícímu na druhé straně křižovatky, poblíž zastávky pouliční dráhy číslo
čtrnáct. Do cesty se mu pletli cestující, kteří vyskákali z poškozené tramvaje.
Jeden z nich se ho snaží dokonce zadržet. J. Kubiš proto několikrát vystřelil
pro výstrahu do vzduchu a po zaváhání pronásledovatelů nasedl na kolo a s
vypětím sil se rozjel. Na oko si přitiskl kapesník a přidávaje stále na
rychlosti řítí se Kirchmayerovou třídou kolem Bulovky a pak vedle kolejí
pouliční dráhy dolů na Primátorskou a do staré Libně. Zastavil se až u Baťova
obchodu na Slavotově třídě, kde odložil kolo. Narazil si ještě více do čela
černý klobouk a skrývaje kapesníkem poraněnou tvář, z níž mu během jízdy kapala
krev na řídítka kola, vydal se boční ulicí do bytu manželů Novákových. Zatímco
se zde Kubiš umyl od krve a převlékl se, poslali Novákovi svoji dceru,
čtrnáctiletou Jindřišku, aby od Baťova obchodu přivezla parašutistovo kolo na
dvůr domu, v němž bydleli. Bylo zhruba tři čtvrtě na jedenáct. Paní Nováková ho
schovává do sklepa. Odpoledne se J. Kubiš rozjel za Zelenkou na Žižkov. V bytě
Wolfových mu pomocí pinzety odstranili z prsou několik drobných střepin.
Ovázali ho vatou a dali mu též nátělník, aby krev z poraněných míst
neprosakovala košilí.
Mnohem dramatičtější byl útěk Josefa Gabčíka. Když z jeho samopalu nevyšel
výstřel, odhodil zbraň na zem a vytáhl pistoli. Chtěl přeběhnout na druhou
stranu křižovatky, kde stálo jeho kolo opřené o sloup elektrického vedení. V
cestě mu však stáli lidé, kteří opustili tramvaj. Kromě toho po něm začal
střílet Reinhard Heydrich, který vystoupil ze svého poškozeného automobilu a
udělal pár kroků za útočníkem. Gabčík, skrytý za nejbližším elektrickým
sloupem, střelbu opětoval. Když pak uviděl, že zastupující protektor už na něho
nemíří, ale sklání se zkroucený bolestí, vyrazil jediným volným směrem. Utíkal
vzhůru Kirchmayerovou třídou, po níž před chvílí přijel Heydrichův vůz, a na
prvním jejím rohu zabočil vlevo do ulice Kolínské. Vyhnul se zde povozu s
dřívím, jehož kůň poplašený výbuchem se postavil napříč vozovky. Parašutistu
pronásledoval se ztrátou asi čtyřiceti kroků SS-Oberscharführerem Klein. Snažil
se v běhu střílet a Na Kolínské donutil kočího povozu s dřívím, aby ho
následoval. Gabčík mezitím vběhl do otevřeného řeznického krámku Františka
Braunera, nacházejícího se v domě číslo dvacet dva ulice Na Zápalčí. Ukryl se
za pultem a požádal překvapeného muže, aby ho neprozradil. Brauner však
sympatizoval s Němci, jeho bratr sloužil dokonce na gestapu. Proto upozornil
pronásledovatele na parašutistův úkryt. Došlo k přestřelce, při níž Klein,
kryjící se za sloupkem plotu, padl zraněn do nohy. Gabčík opustil řeznictví,
ještě jednou, aniž mířil, vystřelil na esesáka a prchal dál ulicí Na Zápalčí.
Najednou se octl v prostorné ulici. Rozhlédl se a poznal, že je opět v ulici V
Holešovičkách, jen několik desítek metrů od poškozeného Heydrichova auta.
Prostovlasý, s vlající kravatou se rozběhl dolů k Trojskému mostu a zmizel ve
vilové čtvrti. Nakonec zamířil k Fafkovým.
Raněného Heydricha, který svíraje pistoli a aktovku zůstal bez ochrany u svého
automobilu, poznala jedna z dívek z tramvaje. Někdo z přítomných zastavil
dodávku přepravující leštidlo na podlahy, která Heydricha dopravila do
nemocnice Na Bulovce. Byl přijat na jednotku intenzivní péče. Jeho zranění se
zprvu nezdálo vážné, ale rentgen objevil v ráně množství špíny, zanesené do ní
kouskem střepiny bomby, úlomkem plechu karoserie a útržku sedadlových žíní.
Němci českým doktorům nedůvěřovali, a proto povolali své odborníky. Přijeli i
specialisté z Berlína.
SS-Standartenführer Horst Böhme 27. května 1942 v 15.26 hodin hlásí dálnopisem
do Berlína výsledek první Heydrichovy operace: „Tržná rána vlevo od bederních
obratlů bez poškození míchy. Projektil, kovový plíšek, roztříštil 11. žebro,
prorazil bránici a uvízl ve slezině. Rána obsahuje četné štětiny a vlasy,
zřejmě materiál z čalounění. Nebezpečí: hnisání pohrudnice, zánět pobřišnice.
Při operaci byla odstraněna slezina.“
Reakce Němců na atentát nedala na sebe dlouho čekat. Za necelou hodinu byly
uzavřeny všechny výpadové cesty z Prahy a byla přerušena železniční doprava. Až
do šesti hodin ráno následujícího dne nesměl nikdo opustit město, aniž by se
podrobil velmi přísné kontrole. Zvláště pečlivě bylo obklíčeno a prohledáno
okolí místa, kde se uskutečnil útok.
Téhož dne byl rozhodnutím K. H. Franka s okamžitou platností vyhlášen civilní
výjimečný stav. V ulicích se objevily plakáty nabízející odměnu za prozrazení
pachatelů. Gestapu na dlouhé dny mizí všichni parašutisté. Nepomáhají domovní
prohlídky ani zastrašování obyvatel.